Музей Новосибирска открылся 1 марта 2010 года. Городской музей задумывали создать еще в 1943 году – к 50-летию  Новосибирска, но по понятным причинам этого не произошло.

Сейчас Музей Новосибирска – это 8 районных филиалов, Музей Новосибирска «На набережной», музей в доме Г.М. Будагова и Музей Дома документального кино.

Сотрудники Музея Новосибирска активно занимаются просветительской деятельностью, организуют уличные выставки и выставки в переходах метро, оформляют вагон новосибирского поезда-музея, осуществляют культурно-образовательные проекты.

Фонд Музея Новосибирска содержит документы и экспонаты, обширную видеотеку, значительное библиотечное собрание. Основой для формирования фонда стало творчество основоположника российской и мировой космонавтики Юрия Кондратюка.

Партнерами Музея Новосибирска являются организации в сфере образования и культуры, жители города, предоставляющие на выставки, или передающие в дар уникальные документы, фотографии, предметы.